تصفیه فاضلاب با دو روش طبیعی و مصنوعی (سپتیک و پکیج تصفیه فاضلاب پلی اتیلنی) انجام می گیرد . روش مصنوعی (سپتیک و پکیج تصفیه فاضلاب) نیز با دو روش هوازی و بی هوازی انجام می پذیرد .
روش هوازی
در این روش (پکیج تصفیه فاضلاب پلی اتیلنی) با استفاده از اکسیژن خالص یا هوا ، تصفیه انجام می پذیرد . به طوری که در تصفیه کامل ، ۸۰ تا ۹۰ درصد کاهش۵ BOD خواهیم داشت . در تصفیه ناقص این مقدار به کمتر از ۸۰ درصد می رسد. در روش تصفیه هوازی (پکیج تصفیه فاضلاب پلی اتیلنی) با توجه به انرژی استفاده از استهلاک قطعات و نیاز به کادر مجرب جهت نگهداری از تاسیسات ، هزینه بهره برداری بالا و همچنین نیاز به سرمایه گذاری اولیه بیشار می باشد ، لذا در شهرهای بزرگ و متوسط برای تصفیه فاضلاب بیشتر از این روش استفاده می شود .
روش بی هوازی
در صورتی که به فاضلاب اکسیژن نرسد ، باکتری های هوازی ، فعالیت و رشد و نمو خود را از دست داده و در عوض باکتری های بی هوازی فعالیت خود را شروع میکنند . روش کار این باکتری ها به این نحو است که اکسیژن و انرژی مورد نیاز خود را از تجزیه مواد آلی و معدنی موجود در فاضلاب وارد شده به سپتیک تانک به دست می آورند .
به عبارت دیگر این باکتری ها برخلاف باکتری های هوازی مواد فاضلاب موجود در سپتیک تانک را بازیافت می کنند . نتیجه این فعالیت تجزیه مواد آلی و معدنی ناپایدار و تبدیل آن ها به نمک های معدنی پایدار و نیز گازهایی همچون گاز هیدروژن ، سولفوره ، گاز متان ، گاز کربنیک و گاز ازت می باشد .
تولید گاز های نامبرده به ویژه گاز هیدروژن سولفوره موجب می شود که بوی ناخوشایند در سپتیک تانک ایجاد گردد ، از این رو این روش را روش تعفن نیز می نامند .
مهمترین کاربرد این روش استفاده از باکتری های بی هوازی در سپتیک تانک سر بسته ی هضم لجن می باشد تنها در تصفیه خانه های بسیار کوچک مانند سپتیک تانک از روش تعفن برای تصفیه ی فاضلاب استفاده می کنند .