برای اینکه سپتیک تانک با بازدهی بهتری کار کند باید به نکات زیر توجه شود:
- هیچگونه ماده ی گندزدایی نباید به درون سپتیک تانک وارد نمود زیرا موجب از بین رفتن باکتری‌های تصفیه کننده ی فاضلاب موجود در سپتیک تانک می‌شود.
- معمولاً هر دوسال یک بار لازم است لجن غیر قابل هضم جمع شده در کف سپتیک تانک را با پمپ تخلیه نمود.
هنگام خالی کردن سپتیک تانک نباید تمام مواد لجنی را بیرون آورد زیرا وجود ته‌مانده ی لجن در سپتیک تانک کار دوباره‌ی آن را بهبود می‌بخشد.