کلرزنی در تصفیه فاضلاب اگر چه بسیار رایج است اما نیاز به تجهیزات داشته و جاگیر است و از همه مهمتر نقل و انتقال و کاربرد گاز کلر خطرناک است و ایمنی کامل در طراحی سیستم های ذخیره و نگهداری کلر بایستی رعایت گردد چون گاز کلر بسیار سمی و خورنده است.
در کاربرد کلر به عنوان ضدعفونی کننده، رعایت موارد زیر ضروری می‌باشد
- تزریق کلر، بایستی نزدیک نقطه کاربرد صورت گیرد.
- ذخیره کلر و تجهیزات کلریناتور (تغذیه کننده های کلر) بایستی در اتاق های جداگانه صورت گیرد.
- تهویه بایستی کف اتاق تعبیه گردد به دلیل اینکه گاز کلر سنگین تر از هوا می‌باشد.
- اتاق کلریناتور از نظر دما کنترل گردد. حداقل دمای ۲۱ درجه سانتیگراد پیشنهاد می‌شود.
- از تابش خورشید به طور مستقیم روی سیلندرهای گاز کلر جلوگیری به عمل آید و هرگز حرارت به طور مستقیم در تماس با سیلندرها نباشد.
- کلر گازی است سمی و چنانچه در کاربرد آن رعایت نکات ایمنی نشود ممکن است باعث انفجار و مسمویت گردد. به علاوه مانند تمام روش های شیمیایی، ماده‌ای به آب افزوده شده و طعم آن را تغییر می دهد و تعداد زیادی ترکیبات خطرناک و بعضا سرطان زا پدید می آورد.
- امروزه مشخص شده که کلر با مواد آلی درون آب ترکیب و با تشکیل تری هالو متان های گوناگون، ترکیبات سرطانزا پدید می آورد. اثرات زیست محیطی ناشی از گاز کلر در منابع آبی بدین صورت است که مقدار بیشتر از ۵.۱ میلی گرم در لیتر باعث مرگ و میر آبزیان مخصوصا ماهی می‌گردد.