تصفیه فاضلاب با دو روش مصنوعی و طبیعی امکان‌پذیر است. در روش تصفیه فاضلاب مصنوعی، از دو روش تصفیه هوازی و تصفیه بی‌هوازی استفاده می‌شود که در ادامه این دو روش را بررسی خواهیم نمود.
روش هوازی
در روش هوازی با استفاده از اکسیژن خالص یا هوا، تصفیه فاضلاب به انجام می‌رسد.به طوری که در تصفیه کامل، ۸۰ تا ۹۰ درصد کاهش BOD 5 خواهیم داشت. در تصفیه ناقص این مقدار به کمتر از ۸۰ درصد کم می‌شود. در روش تصفیه هوازی با توجه به استفاده از انرژی و استهلاک قطعات و نیاز به کادر مجرب جهت نگهداری، هزینه بهره‌برداری زیاد و همچنین نیاز به سرمایه‌گذاری اولیه بیشتر خواهد بود، لذا در شهرهای بزرگ و متوسط برای تصفیه فاضلاب این روش بیشتر مورد استفاده قرار می‌گیرد.
روش بی‌هوازی
در صورتیکه به فاضلاب اکسیژن نرسد، باکتری‌های هوازی رشد و فعالیت خود را از دست خواهند داد و در عوض باکتری‌های بی‌هوازی فعالیت خود را شروع می‌کنند. روش کار این باکتری‌ها به این نحو است که اکسیژن مورد نیاز خود را از تجزیه مواد آلی و معدنی موجود در فاضلاب به دست می‌آورند. به عبارت دیگر این باکتری‌ها بر خلاف باکتری‌های هوازی مواد نامبرده را بازیافت می‌کنند. نتیجه این فعالیت تجزیه مواد آلی ناپایدار و تبدیل آن‌ها به نمک‌های معدنی پایدار و نیز گازهایی چون گاز هیدروژن، سولفوره، گاز متان، گاز کربنیک و گازن ازت می‌باشد.
تولید گازهای فوق به ویژه گاز هیدروژن سولفوره موجب می‌شود که بوی ناخوشایند ایجاد گردد. از این رو این روش را روش تعفن نیز می‌نامند.
مهمترین کاربرد روش استفاده از باکتری‌های بی‌هوازی در مخزن‌های سربسته ی هضم لجن می‌باشد و تنها در تصفیه‌خانه‌های بسیار کوچک مانند سپتیک تانک هم از روش تعفن برای تصفیه‌ی فاضلاب استفاده می‌شود.
سپتیک تانک
سپتیک تانک ابزاری است که با استفاده از روش بی‌هوازی در تصفیه فاضلاب پیش از ورود به سیستم فاضلاب یا پیش از ورود به سیستم تصفیه مورد استفاده قرار می‌گیرد.